PPP模式設計是項目操作的關鍵，模式設計一般包括六個方面。
一是交易結構，股東各方的邏輯關系，政府給予授權、補貼、采購的操作方式，企業參與投資、運營、回款和移交的標準、時間以及回報；
二是股權結構，政府方是否參與，參與形式、股權比例及股東權益；
三是融資結構，又叫債權結構，包括銀行貸款、基金、信托等渠道，以及資金成本和增信要求；
四是收益結構，就收益而言，要明確投資回款來源和方式，一般有政府財政采購、財政補貼、使用者付費等幾大類，地方財政從以往的“補建設”逐步轉向“補運營”；項目收益的類型和形式多種多樣，它表現項目服務及收益特征，也體現投資人的綜合能力；
五是風險分擔結構，它的基本原則應該是通過評估風險防控能力、受益大小、控制風險的代價等情況，合理分配參與各方的風險；六是項目公司治理結構，參與各方權責界定，及在股東會、董事會、經營層的人員配置。
上述PPP的模式設計，都需要通過投資項目的協議、合同、章程來約定，越明確越好。